Если вы работаете с товарами и уже вели количественный учет в Битрикс24, то при включении складского учета система проверит наличие товарных остатков и предложит их обнулить. Сброс остатков перед включением нужен для того, чтобы складской учет заработал корректно и не было никаких расхождений в цифрах.
Это значит, что все текущие товарные остатки будут равны 0, но сами товары останутся.
После того как товарные остатки будут сброшены, вы можете начать работать в складском учете. Указать актуальные остатки можно с помощью документа оприходования.
Подробнее о том как указать первичные остатки, читайте в статье: Складской учет: документ оприходования.