Для этого перейдите в настройки приложения - вкладка Битрикс24.Диск и отключите опцию "Включить Битрикс24.Диск".
Далее откройте приложение и по кнопке "Изменить директорию" выберите папку на локальном компьютере, которая будет использоваться при синхронизации.
Таким образом можно подключить несколько папок, если вы работаете в нескольких порталах. Каждая папка будет синхронизироваться со своим порталом.